En el siglo XVII la capital de Perú, Lima, aunque pequeña en comparación con los 7 millones que tiene en la actualidad, crecía por la inmigraciones muy variadas. Habían en ella personas de todas las razas, y muchos procedentes de las costas africanas. Entre ellos habían cofradías que veneraban diferentes santos. A mediados del siglo, los negros de Angola se ubicaron en Pachacamilla (llamado así porque allí habían vivido indios del Pachacamac). Formaron una cofradía y para ella levantaron una edificación. Uno de los angoleños pintó en la pared la preciosa imagen de Cristo.
El 13 de noviembre de 1655, a las 2:45 de la tarde, un fuerte terremoto sacudió a Lima y Callao haciendo caer muchos edificios y causando miles de muertos. Los angoleños que eran ya muy pobres sufrieron muchísimo. Todas las paredes de su cofradía se cayeron. Pero en medio de aquello aparece el gran milagro: El muro de adobe con la imagen del Cristo permaneció en pie perfectamente preservada.
Ante el desastre, los limeños hicieron muchas peticiones al Señor. Había una profunda conciencia de que habían pecado y muchos pedían perdón. 15 años más tarde, Antonio León de la parroquia de San Sebastián, encontró la imagen del Señor en la pared abandonada y comenzó a venerarla. Ocurrió entonces otro milagro, pues Antonio, que sufría por un tumor maligno de terribles dolores de cabeza, fue sanado cuando se lo pidió a Cristo ante su imagen. Aquel milagro le fortaleció en su fe y propagó por todas partes aquel don divino. Pronto muchas personas acudían al Cristo milagroso. La mayoría de ellos eran negros y pobres. Se reunían los viernes por la noche a rezar y cantar ante el Señor.
Esta procesión, que se inició en el virreinato en medio de historias de terremotos y milagros, fue autorizada por las autoridades eclesiásticas para recorrer las calles de Lima y pedir protección contra los terremotos, siendo el terremoto del 20 de octubre de 1687, que dio origen a esta manifestación religiosa.
El Cabildo de Lima dada su protección constante contra los terremotos, y al haber quedado intacta la imagen en la pared por estos movimientos, declara el 21 de septiembre de 1715 al Cristo de los Milagros como "Patrono Jurado por la Ciudad de los Reyes contra los temblores que azotan la tierra", y desde aquel momento quedó oficializado su culto entre los vecinos de Lima, quienes lo tenían ya como su devoción predilecta. A partir de ese momento fue llamado como se le conoce actualmente El Señor de los Milagros de Nazarenas.
Protector contra los temblores
El 20 de octubre de 1687 se hizo una reproducción de la imagen para poder ser sacada en procesión, ante los continuos temblores. En 1746 salió por segunda vez y después sucesivamente. Posteriormente a las andas se añadieron cuatro ángeles alados de plata maciza de un metro de alto y el arco de rayos de 33 puntas de plata bañada en oro.
Al reverso del Cristo crucificado se pintó la imagen de la Virgen de la Nube, muy venerada en el Ecuador tras la aparición del 30 de diciembre de 1696 en Quito, que entonces pertenecía al Virreinato del Perú.
Durante la colonia la procesión era conocida como la del Santo Cristo de las Maravillas. Las sahumadoras eran esclavas negras que cotidianamente solían ser vestidas elegantísimamente por las poderosas matronas limeñas, y mucho más durante estas ceremonias. Muchos de los cargadores eran también esclavos muy devotos del Cristo de Pachacamilla. Con los años el hábito morado fue popularizándose para esta ocasión.
En 1937, el alcalde de Lima Luis Gallo Porras, hizo entrega del Escudo de la ciudad, el cual fue colocado en el vértice superior de las andas del Señor.
En la actualidad la Hermandad del Señor de los Milagros cuenta con 20 cuadrillas cuyos postulantes esperan años antes de llegar a cargar en la procesión. La espera para ser considerada sahumadora y cantora también es de años.
Ahora, con un peso de cerca de dos toneladas, es la procesión más grande del mundo, que se abre paso precedida de un séquito con un palio conteniendo una reliquia de la Santa Cruz y los milagros y favores concedidos ya son innumerables.